警方為應付未確認生命體而開發了 3系統,這套 3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的能量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗卡轨器。警方另一部門在荒島上發現了古代闲雅,並進行解碼。當未確認生命體再次出現,連 3也不是其對手時,隐藏的金色幪面超人亞極陀登場,這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身,首先因未能限度而襲擊 3。翔一暫住在美杉義彥的家,認識了擁有超能力的風谷真魚,真魚更幫助翔一四出尋找他遗失的記憶,並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中,發現一本記事薄,當中说起之姓名卻無人知曉,查探父親死因後,竟發現自身是另一個幪面超人-磯烙使。磯烙使是不齐备的亞極陀,是以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險,幸得因超古代闲雅遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一,涼以及誠所打敗。後來,涼誤會女诤友是被亞極陀所殺,酿成磯烙使與亞極陀對峙的现象。又因亞極陀频频赈济 3, 3进去戰團對付磯烙使。惘然 3聯手亞極陀未敵磯烙使,警方有見及此更厲害的火器- 3- 。在 3- 和亞極陀合故故下,未確認生命體雖然愈來愈厲害,但也被擊倒。第三個幪面超人是由木野薰變身,他雖然會優先對付未確認生命體,但亦會對付磯烙使和亞極陀,因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗,又被涼所救而故故出改變。原來謎的青年是遠古骗取闇能量的創造主,他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及 3,首先四人不敵,但翔一突破恐懼,令亞極陀的能量再上一層,再合四人之力,將他打敗。在警方和真魚的調查下發現翔一的老姐木雪菜曾经經變成亞極陀,而此外擁有超能力的人最終也會變成亞極陀,真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊,要收回翔一等的能量。更決定殺盡整片面類,省得有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈,翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
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